Python にメソッドを使う機能 (list.index() 等) と関数を使う機能 (len(list) 等) があるのはなぜですか？

接頭辞は接尾辞よりも単純に読みやすいから

(b) len(x)というコードを読んだ時、私はそれが何かの長さを問うているのだなと知ることができます。

これは私に2つの事を知らせています。一つは結果が整数であること、そして引数は何らかのコンテナであることです。

対して、x.len()を目にした場合、私はその時点でxが何らかのコンテナであり、それが標準のlen()を持っているクラスを継承しているか、インターフェースを実装していることを知っている必要があります。